V činnosti pracovných komisií sa angažujú odborníci APZ, zväzov a ich členských firiem. Ich úlohou je analyzovať a pripomienkovať legislatívne návrhy v rámci medzirezortného pripomienkového konania, prípadne prinášať vlastné návrhy s cieľom zlepšiť podmienky v podnikateľskom prostredí a v oblastiach, ktoré sa ho bezprostredne týkajú.
Pracovné komisie sú aktívne v týchto témach:
Pracovno-právna a BOZP
Vzdelávanie
Životné prostredie
Finančná legislatíva
Veda a výskum
Alternatívne palivá
Technicko-dopravná
Verejné obstarávanie
Zhotovovanie stavieb
Kolektívne vyjednávanie
Vymožiteľnosť práva
Elektromobilita
